Tại Dự thảo Thông tư mới về đăng ký thuế dự kiến ban hành năm 2026 được xây dựng để thay thế toàn bộ Thông tư 86/2024/TT-BTC đã cập nhật nhiều nội dung liên quan đến điện tử hóa, kết nối dữ liệu và quản lý theo định danh cá nhân.
Cụ thể: 
1. Đối với đăng ký thuế điện tử,theo Điều 6 dự thảo Thông tư quy định về đăng ký thuế, người nộp thuế thực hiện hồ sơ trực tuyến qua Cổng Dịch vụ công quốc gia hoặc Hệ thống thông tin quản lý thuế theo; việc tiếp nhận hồ sơ điện tử, xác thực điện tử (bao gồm sinh trắc học) và thời gian hệ thống gửi thông báo tiếp nhận trong 15 phút được quy định tại. Nội dung này là điểm mới do văn bản cũ chưa quy định cụ thể về xác thực sinh trắc học và thời gian phản hồi nhanh.
2. Đối với việc xử lý hồ sơ đăng ký thuế điện tử, dự thảo quy định nếu hồ sơ chưa đầy đủ, trong thời hạn 02 ngày làm việc kể từ ngày tiếp nhận, cơ quan thuế phải thông báo không chấp nhận hồ sơ để người nộp thuế hoàn thiện, nộp lại. So với Thông tư 86/2024, quy trình này được quy định rõ ràng, thống nhất hơn về thời hạn xử lý.
3. Đối với quy trình dự phòng khi hệ thống gặp sự cố, Điều 7 dự thảo quy định khi hệ thống đăng ký thuế hoặc kết nối với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư bị gián đoạn, cơ quan thuế thực hiện giải quyết hồ sơ bằng bản giấy, có thể yêu cầu bản sao Căn cước công dân. Đồng thời, trong thời hạn 30 ngày kể từ khi hệ thống khắc phục, cơ quan thuế phải cập nhật dữ liệu vào hệ thống.
4. Về sử dụng số định danh cá nhân thay cho mã số thuế, theo Điều 37 điều khoản chuyển tiếp của dự thảo thì cá nhân, hộ kinh doanh đã có mã số thuế và thông tin khớp với Cơ sở dữ liệu quốc gia về dân cư được sử dụng số định danh cá nhân thay mã số thuế kể từ ngày Thông tư có hiệu lực. Quy định này kế thừa nội dung tại khoản 2 Điều 38 Thông tư 86/2024/TT-BTC, và sẽ được áp dụng từ ngày 01/7/2025.
