Bộ Tài chính ban hành Thông tư số 86/2026/TT-BTC quy định về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu (“Thông tư 86”), có hiệu lực kể từ ngày 01/07/2026, thiết lập khung pháp lý cập nhật về quản lý thuế đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, có hiệu lực áp dụng cho người nộp thuế và cơ quan hải quan trong hoạt động khai, nộp và xử lý nghĩa vụ thuế.
1. Phạm vi khai thuế theo từng lần phát sinh 
Theo quy định tại Thông tư 86, nghĩa vụ khai thuế theo từng lần phát sinh đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu bao gồm: thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thuế tự vệ, thuế chống bán phá giá, thuế chống trợ cấp, thuế tiêu thụ đặc biệt, thuế bảo vệ môi trường và thuế giá trị gia tăng.
Về thủ tục, các nội dung liên quan đến khai thuế, khai bổ sung, thời hạn nộp hồ sơ, các chỉ tiêu thông tin bắt buộc và tỷ giá tính thuế được dẫn chiếu áp dụng theo pháp luật hải quan hiện hành.
2. Các trường hợp không phải khai thuế theo từng lần phát sinh
Thông tư 86 liệt kê ba nhóm trường hợp được loại trừ khỏi nghĩa vụ khai thuế theo từng lần phát sinh:
- Nhóm hàng hóa đặc thù: điện năng xuất, nhập khẩu; hàng hóa bán trong khu cách ly sân bay quốc tế (không bao gồm hàng bán tại cửa hàng miễn thuế theo Nghị định số 100/2020/NĐ-CP); hàng hóa phục vụ hành khách trên chuyến bay quốc tế; xăng, dầu cung ứng cho tàu bay xuất cảnh, theo dẫn chiếu tại khoản 1 Điều 93 Thông tư số 38/2015/TT-BTC.
- Giao dịch của doanh nghiệp ưu tiên: các hoạt động mua, bán, gia công, thuê, mượn, giao nhận hàng hóa giữa doanh nghiệp ưu tiên với đối tác, thực hiện theo điểm c khoản 3 Điều 75 và khoản 6 Điều 86 Thông tư số 38/2015/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung bởi Thông tư số 121/2025/TT-BTC).
- Các trường hợp khác theo quy định của pháp luật hải quan.
Về hồ sơ, Thông tư 86 xác định hồ sơ khai thuế đối với hàng hóa xuất, nhập khẩu chính là hồ sơ hải quan theo Luật Hải quan số 54/2014/QH13 và văn bản hướng dẫn thi hành, nộp tại cơ quan hải quan nơi đăng ký tờ khai.
3. Hai hình thức nộp hồ sơ khai thuế
Người nộp thuế có thể lựa chọn một trong hai hình thức:
- Nộp hồ sơ điện tử: khai đầy đủ, chính xác thông tin trên tờ khai hải quan cùng chứng từ liên quan qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan, theo các chỉ tiêu quy định tại Phụ lục II của Thông tư 86. Trường hợp hệ thống chưa hỗ trợ khai báo đầy đủ chỉ tiêu, người nộp thuế nộp bản chụp có ký số các chứng từ thuộc hồ sơ khai thuế qua cùng hệ thống.
- Nộp hồ sơ giấy: áp dụng đối với chứng từ pháp luật yêu cầu bản chính, nộp trực tiếp hoặc qua đường bưu chính; các chứng từ không bắt buộc bản chính được phép nộp bản chụp.
4. Trách nhiệm của người nộp thuế
Thông tư nhấn mạnh ba nhóm trách nhiệm cốt lõi của người nộp thuế:
- Khai chính xác, trung thực và đầy đủ nội dung trong hồ sơ khai thuế;
- Chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực và hợp pháp của nội dung đã khai và các chứng từ, hồ sơ, tài liệu, dữ liệu, thông tin đã nộp, cung cấp, xuất trình cho cơ quan hải quan hoặc thông qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan;
- Đảm bảo tính thống nhất nội dung thông tin, dữ liệu, tài liệu, chứng từ giữa hồ sơ lưu tại doanh nghiệp với hồ sơ gửi cơ quan hải quan.
5. Cơ chế miễn trừ nộp chứng từ khi dữ liệu đã liên thông
Một điểm đáng chú ý của Thông tư 86 là quy định miễn nghĩa vụ nộp bản chứng từ trực tiếp cho cơ quan hải quan, nếu các chứng từ liên quan đến miễn thuế, giảm thuế, hoàn thuế, không thu thuế, không chịu thuế, xử lý tiền thuế nộp thừa, gia hạn nộp thuế, miễn tiền chậm nộp, thông báo danh mục miễn thuế, khoanh nợ, xóa nợ hoặc nộp dần tiền thuế nợ… đã có sẵn trên Cổng thông tin một cửa quốc gia, Cổng dịch vụ công quốc gia hoặc các hệ thống, cơ sở dữ liệu đã kết nối với cơ quan hải quan. Trong trường hợp này, người nộp thuế chỉ cần cung cấp thông tin liên quan để cơ quan hải quan tự khai thác.
