Bộ Tài chính đã hoàn thiện dự thảo Thông tư hướng dẫn một số điều của Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp (“TNDN”) và nghị định liên quan (“Dự thảo”), trong đó bổ sung nhiều quy định làm rõ nghĩa vụ thuế của các tổ chức nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.
Đáng chú ý, theo Bộ Tài chính, mức thuế 20% áp dụng cho khoản thu nhập từ tiền bồi thường của nhà thầu nước ngoài. Dự thảo cũng làm rõ cách kê khai thuế, xác định doanh thu chịu thuế và áp dụng cho hợp đồng EPC cùng nhà thầu phụ, nhằm tránh nhầm lẫn trong thực tế…
Dưới đây là một số điểm nổi bật của Dự thảo: 
1. Quy định về phương thức khai nộp và xác định doanh thu tính thuế TNDN
Theo khoản 7 Điều 7 Dự thảo, đối với khoản thu nhập từ tiền bồi thường thiệt hại thu được, nhà thầu nước ngoài có quyền lựa chọn một trong hai phương thức khai nộp thuế TNDN như sau: (i) khai nộp theo tỷ lệ thuế tính trên doanh thu; hoặc (ii) kê khai doanh thu, chi phí với mức thuế suất 20%.
Ngoài ra, căn cứ theo đề nghị của Ngân hàng Nhà nước Việt Nam, Bộ Tài chính đã chỉnh sửa Dự thảo theo hướng xác định doanh thu tính thuế TNDN là toàn bộ doanh thu mà nhà thầu nước ngoài và nhà thầu phụ nhận được, chưa trừ thuế phải nộp, và bao gồm cả các khoản chi phí do phía Việt Nam thanh toán thay (nếu có).
Hướng dẫn cụ thể về căn cứ xác định “giá trị còn lại”
Theo Bộ Tài chính, việc xác định “phần giá trị dịch vụ còn lại” trong trường hợp nhà thầu nước ngoài giao lại công việc hoặc hạng mục cho nhà thầu phụ đã được kế thừa từ Thông tư số 103/2014/TT-BTC và đã được rà soát để điều chỉnh phù hợp với thực tế, hạn chế vướng mắc (áp dụng cho cả các gói thầu EPC mà giá trị xây dựng chỉ chiếm một phần hợp đồng). Cụ thể:
- Đối với trường hợp nhà thầu nước ngoài ký hợp đồng với nhà thầu phụ trong và ngoài nước, doanh thu tính thuế TNDN của nhà thầu nước ngoài không bao gồm giá trị công việc hoặc hạng mục do nhà thầu phụ thực hiện, dựa trên hợp đồng phụ đã ký;
- Danh sách các nhà thầu phụ cùng phần công việc hoặc hạng mục thực hiện được liệt kê kèm theo hợp đồng nhà thầu; và
- Nhà thầu phụ có thể nộp thuế theo phương pháp kê khai hoặc phương pháp hỗn hợp, tùy hình thức thực hiện phần công việc được giao.
3. Quy định về tỷ lệ phần trăm để tính thuế TNDN trên doanh thu trong một số trường hợp đặc biệt
Theo điểm b khoản 6 Điều 7 Dự thảo, tỷ lệ phần trăm để tính thuế TNDN trên doanh thu trong một số trường hợp đặc biệt sẽ được thực hiện như sau:
- Đối với các hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ bao gồm nhiều hoạt động kinh doanh khác nhau: căn cứ vào doanh thu chịu thuế TNDN đối với từng hoạt động kinh doanh do Nhà thầu nước ngoài, Nhà thầu phụ nước ngoài thực hiện theo quy định tại hợp đồng.
Trường hợp không tách riêng được giá trị từng hoạt động kinh doanh: áp dụng tỷ lệ thuế TNDN đối với ngành, nghề kinh doanh có tỷ lệ thuế TNDN cao nhất cho toàn bộ giá trị hợp đồng.
- Đối với hoạt động xây dựng có bao thầu nguyên vật liệu hoặc máy móc, thiết bị đi kèm công trình xây dựng:
- Trường hợp hợp đồng nhà thầu tách riêng giá trị từng hoạt động kinh doanh: áp dụng tỷ lệ % thuế TNDN trên doanh thu tương ứng đối với từng phần hoạt động kinh doanh đó.
- Trường hợp hợp đồng nhà thầu không tách riêng giá trị từng hoạt động kinh doanh: tỷ lệ % thuế TNDN tính trên doanh thu tính thuế là 2% trên toàn bộ giá trị hợp đồng.
- Trường hợp nhà thầu nước ngoài chỉ thực hiện phần dịch vụ còn lại sau khi giao lại toàn bộ hạng mục có bao thầu vật tư cho nhà thầu phụ: tỷ lệ % thuế TNDN tính trên doanh thu tính thuế là 5%.
